Okulumuz adını Osmanlı Devletinde donanma komutanlarının unvanı olan Kaptan-ı Derya'dan almıştır. 1997-1998 eğitim öğretim yılında 26 derslikle ilköğretim okulu olarak faaliyete geçen okulumuzun kurucu müdürü Rahman AYDIN'dır. Daha sonra Mustafa HAYAL(1999-2005), Halim YİĞİT(2005-2010), Çelebi ULUTAŞ(2010-2019) okulumuzda Müdürlük yapmıştır. 2019 yılında Ahmet UÇAN okul müdürü olmuştur ve halen görevine devam etmektedir. Okulumuz 17 Ağustos 1999 yılında meydana gelen depremde ağır hasar görmüştür. 2006 yılında yıkım kararı çıkan okulumuzun 20 Aralık 2007'de yıkımına başlanmış, 20 Ekim 2008 tarihinde yıkım tamamlanmıştır. İnşaat süresince öğrencilerimiz Meslek Lisesinde eğitim öğrenimine devam etmişlerdir. Yeni yapılan okul binası 29 Derslik, 1 Özel Eğitim sınıfı, 2 Anasınıfı, 2 Fen Labaratuvarı, 1 Müzik sınıfı, 1 Bilgi Teknolojileri sınıfı, 1 Teknoloji ve Tasarım Atölyesi, 1 Kütüphane, 1 Çok Amaçlı Salon, 1 Kantin ve 1 Sığınak olarak inşaa edilmiştir. 4+4+4 sistemine geçişle birlikte okulumuz İlkokula dönüşerek Ortaokul Öğrencileri Ertuğrul Gazi Ortaokuluna gönderilmiş ve  2 Fen Labaratuvarı, 1 Müzik sınıfı, 1 Bilgi Teknolojileri sınıfı, 1 Teknoloji ve Tasarım Atölyesi sınıfa dönüştürülerek derslik sayısı 34e çıkarılmıştır.  Okulumuz açıldığı günden bu güne kadar bir çok başarılar elde etmiştir. Öğrencilerimizin aldıkları kupa ve plaketler okulumuzun girişinde sergilenmektedir. Okulumuz Öğretmenleri ve Öğrencileri ile sosyal yardımlaşma ve dayanışma kampanyalarına katılmaktadır. Ayrıca Umudum Öğretmenim, Beslenme Dostu Okul Projesi, Beyaz Bayrak, Sıfır Atık ve Sağlıklı Gelecek için Hijyenik okullar projesi gibi bir çok güncel projeyi yürütmektedir.